El Directorio tiene por función administrar la sociedad Anónima organizadora del Instituto. Está compuesto por cinco miembros reelegibles, uno de los cuales es elegido como Presidente. El Directorio dura un año en sus funciones y se reúne a lo menos una vez cada tres meses.
El Consejo de Rectoría es presidido por el rector y está integrado por las siguientes autoridades: Director Académico, Secretario General, Director de Administración y Finanzas, Director Ejecutivo. Es la instancia encargada de apoyar al Rector en el gobierno y administración del Instituto, mediante la coordinación de políticas, planes, programas, actividades y recursos de las diversas reparticiones internas, para asegurar armonía y equilibrio en el desarrollo institucional; y de evaluar trimestralmente el cumplimiento de las metas establecidas en la programación anual.
El Consejo Académico de la Escuela de Cine de Chile es un organismo colegiado que, entre otras funciones, es responsable de diseñar, planificar y evaluar el plan de estudios de la carrera y sus actividades académicas. Está integrado por docentes destacados que representan las distintas áreas formativas y es presidido por el Director Académico.
El Comité de Autoevaluación y Aseguramiento de la Calidad de la Escuela de Cine de Chile promoverá, organizará y coordinará el funcionamiento de la autoevaluación para el aseguramiento de la calidad y el mejoramiento interno, contribuirá a la construcción de una cultura de aseguramiento de la calidad y apoyará los procesos de autoevaluación para lograr en un corto plazo el Licenciamiento de la institución y su correspondiente acreditación hacia el 2020.